上海市崇明区位于长江入海口，东濒东海，西接长江，南与浦东新区、宝山区和江苏省太仓市隔江相望，北同江苏省海门、启东两市一水之隔。
上海市崇明区总面积1185.49平方千米，其中水域面积120.18平方千米。
上海市崇明区辖16个镇、2个乡：城桥镇、堡镇、新河镇、庙镇、竖新镇、向化镇、三星镇、港沿镇、中兴镇、陈家镇、绿华镇、港西镇、建设镇、新海镇、东平镇、长兴镇、新村乡、横沙乡。区政府驻城桥镇人民路68号。
 

上海市崇明区由崇明、长兴、横沙3岛组成。崇明岛是中国第三大岛，由长江挟带下来的泥沙冲积而成，全岛三面环江、一面临海。
上海市崇明区岛上地势平坦，河流纵横，主要有南横引河、北横引河等。
上海市崇明区与上海市浦东新区、江苏省启东市相接。
上海市崇明区有至共和新路汶水路枢纽站、上海科技馆枢纽站、巨峰路站等9条市通郊线路。水路有南门―石洞口、南门―宝杨、吴淞口―堡镇等航线8条。